Bất cập lớn nhất hiện nay là hệ thống pháp luật điều chỉnh hoạt động logistics chưa đồng bộ, chưa quy định rõ ràng về trách nhiệm và giới hạn quản lý giữa các cơ quan nhà nước trong việc quản lý hoạt động logistics. Qua đó, đã làm cho việc quản lý và điều hành hoạt động logistics còn gặp rất nhiều khó khăn.