Theo thỏa thuận hợp tác, Bộ Giao thông Vận tải sẽ cung cấp và hướng dẫn cho PVN các văn bản pháp luật trong nước và các Điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên; các Chiến lược, Quy hoạch tổng thể về giao thông vận tải cũng như quy hoạch các chuyên ngành đường bộ, đường thủy nội địa, hàng hải, hàng không và đường sắt để PVN tổ chức sản xuất kinh doanh được thuận lợi, an toàn, nhanh chóng và hiệu quả.
Hỗ trợ và tạo điều kiện thuận lợi cho PVN trong việc thực hiện các thủ tục đầu tư xây dựng, công bố mở, quản lý, khai thác các cảng biển, cảng, bến thủy nội địa do PVN và các đơn vị thành viên làm Chủ đầu tư theo quy hoạch phát triển hệ thống cảng biển đến năm 2020 và định hướng đến năm 2030, quy hoạch tổng thể phát triển ngành giao thông vận tải đường thủy nội địa Việt Nam đến năm 2020.
Khuyến khích các đơn vị, doanh nghiệp thuộc Bộ Giao thông vận tải sử dụng các dịch vụ, sản phẩm của PVN như các sản phẩm xăng, xăng E5, dầu, LPG, CNG, các dịch vụ tài chính, bảo hiểm. Thỏa thuận cũng nêu rõ, Bộ Giao thông vận tải sẽ kiến nghị Chính phủ ban hành chính sách tổng thể và phù hợp để phát triển nhiên liệu sinh học một cách đồng bộ từ khâu nguyên liệu, sản xuất sản phẩm đến tiêu thụ; sớm ban hành lộ trình bắt buộc sử dụng xăng E5 và lộ trình sử dụng xăng E10.
Tạo điều kiện thuận lợi phát triển sử dụng LPG, CNG cho hệ thống xe buýt, xe taxi và các xe ôtô khác tại các tỉnh, thành phố trên toàn quốc; có ý kiến với Ủy ban Nhân dân TP Hồ Chí Minh để chỉ đạo Sở Giao thông vận tải tiếp tục triển khai dự án 500 xe bus sử dụng CNG.
Phát biểu tại lễ ký, Chủ tịch HĐTV của PVN Phùng Đình Thực cho biết trong năm 2012, ba nhà máy nhiên liệu sinh học do Tập đoàn đầu tư sẽ đi vào hoạt động. Và thỏa thuận hôm nay sẽ là tiền đề để Tập đoàn và Bộ Giao thông Vận tải. có những nội dung cụ thể trong việc vận chuyển sản phẩm nhiên liệu sinh học.