Trong quá trình triển khai các dự án BOT, còn có một số bất cập về vị trí đặt trạm thu phí, mức giá, thời gian thu
Tại cuộc họp, Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc đã khẳng định, Chính phủ không có chủ trương đẩy nhà đầu tư vào hoàn cảnh khó khăn, nhưng cũng không để tiếp diễn những bất hợp lý mà người dân phản ánh.
Cho đến nay, Bộ Giao thông vận tải đang quản lý 63 dự án giao thông BOT. Trong năm 2017, Bộ đã dừng chủ trương đầu tư 13 dự án đang nghiên cứu hoặc mới phê duyệt đề xuất dự án trên các đường hiện hữu. Đến nay, đã có 48 kết luận thanh tra đối với 50 dự án, 61 kết luận kiểm toán đối với 55 dự án. Có những dự án bị thanh tra, kiểm toán đến 2 lần. Bên cạnh đó, thông tin liên quan đến các dự án giao thông BOT cũng được Bộ Giao thông vận tải công khai trên trang thông tin điện tử. Nhờ tăng cường kiểm tra, quản lý nên đã cơ bản khắc phục được các hạn chế ở các dự án giao thông BOT, nhưng vẫn còn những vấn đề cần giải quyết dứt điểm.
Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc khẳng định, việc đầu tư xây dựng kết cấu hạ tầng, trong đó có hạ tầng giao thông vận tải theo hình thức BOT là phù hợp với Nghị quyết của Ban Chấp hành Trung ương Đảng. Hơn nữa, với điều kiện nguồn vốn Nhà nước đang thiếu cần xã hội hóa mạnh mẽ nguồn lực và thế giới cũng áp dụng phương thức này rất mạnh mẽ.
Thủ tướng đánh giá cao các địa phương đã khắc phục được tình trạng phức tạp an ninh, trật tự ở một số trạm thu phí BOT và Kiểm toán Nhà nước đã kiểm toán các dự án để từ đó loại bỏ các chi phí bất hợp lý. Tuy nhiên, trong thời gian tới cần tiếp tục tập trung khắc phục triệt để các tồn tại, bất cập trong các dự án giao thông BOT.
Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc cũng yêu cầu Bộ Giao thông vận tải triển khai quyết liệt chỉ đạo của Thủ tướng và Nghị quyết của Ủy ban Thường vụ Quốc hội để chậm nhất đến 31/12/2018 phải thu phí theo hình thức điện tử tự động không dừng ở các trạm thu phí BOT trên quốc lộ 1 và đường Hồ Chí Minh đoạn qua Tây Nguyên.