Thông tư quy định, Cục Đường thủy nội địa VN, sở GTVT các địa phương xác định điểm khởi đầu, điểm kết thúc, điểm giao cắt giữa các tuyến đường thủy nội địa bằng địa danh và đồng thời 2 hệ tọa độ, gồm hệ tọa độ quốc gia VN2000 và hệ tọa độ trắc địa toàn cầu WGS84.
Theo thông tư, các tuyến đường thủy được bố trí biển báo hiệu trên bờ, phao báo hiệu dưới nước, báo hiệu gắn trên cầu và biển phụ gắn trên cầu. Các tuyến đường thủy quốc gia có báo hiệu, biển gắn trên phao bắt bằng chữ QG, còn đường thủy địa phương bắt đầu bằng tên viết tắt của địa phương. Ví dụ đường địa phương của An Giang được ghi bằng ký hiệu AG. Tương tự, đường chuyên dùng quốc gia được viết tắt bằng các chữ CDQG, đường chuyên dùng địa phương ký hiệu CD + tên địa phương viết tắt.
Nội dung thông tư cũng mã hóa các tuyến vận tải sông, kênh Trung ương bằng các số thứ tự từ QG001 đến QG261. Trong đó, sông Hồng từ phao số 0 Ba Lạt đến ngã ba Nậm Thi mang mã số QG001, sông Đà từ ngã ba Hồng Đà đến hạ lưu đập thủy điện Hòa Bình có mã số QG002, kênh Cái Nháp từ ngã ba sông Cửa Lớn đến ngã ba sông Bảy Hạp mã QG261.
Cục Đường thủy và sở GTVT các địa phương có trách nhiệm thiết lập cơ sở dữ liệu báo hiệu kilomet - địa danh vào hệ thống quản lý thông tin dữ liệu kết cấu hạ tầng giao thông đường thủy thuộc phạm vi quản lý.