Trung bình hàng năm có hơn 1 triệu tấn hàng hóa (chủ yếu là xăng, dầu, bê tông, thức ăn chăn nuôi, phân bón,..) được vận chuyển giữa hai nước
Sau gần 10 năm thông thương, tuyến vận tải này đã giúp các phương tiện thủy chở hàng hóa, chở khách du lịch theo tuyến sông Tiền, sông Hậu cũng có thể chạy thẳng qua biên giới, đến tận Thủ đô Phnom Penh. Theo thống kê, trung bình hàng năm có hơn 1 triệu tấn hàng hóa (chủ yếu là xăng, dầu, bê tông, thức ăn chăn nuôi, phân bón,...) được vận chuyển giữa hai nước. Tính đến nay, hàng hóa xuất khẩu bằng container đã tăng hơn 2,5 lần so với năm đầu tiên (2009) mở tuyến, đạt mức hơn 10 nghìn Teu/năm và dự kiến tuyến vận tải thủy bằng container sang Campuchia có tiềm năng khoảng 100 nghìn TEU/năm.
Theo đại diện Công ty Gemadept Shipping, tuyến vận tải Việt Nam - Campuchia không chỉ tăng sự kết nối giao thương, khơi thông vận tải tại vùng Đồng bằng sông Cửu Long mà còn đóng vai trò quan trọng trong kết nối, gom hàng cho các tàu lớn tại cụm cảng biển Cái Mép - Thị Vải.
Liên quan đến phản ánh trên, mới đây, Cục Hàng hải VN đã có văn bản kiến nghị Bộ GTVT sớm có giải pháp tháo gỡ. Cục Hàng hải VN cho biết, hiện các DN vận tải bằng phương tiện thủy nội địa từ các cảng khu vực Cái Mép - Thị Vải, TP. Hồ Chí Minh đi cảng Phnom Penh (Campuchia) qua cửa khẩu Vĩnh Xương - An Giang, Thường Phước - Đồng Tháp.
Căn cứ vào Hiệp định giữa hai nước và nghị định liên quan, các cảng vụ hàng hải căn cứ xác nhận hoàn thành thủ tục trên bản khai chung tàu rời cảng của các cơ quan quản lý Nhà nước chuyên ngành tại khu vực (biên phòng, hải quan, kiểm dịch y tế,..) giải quyết thủ tục cho phương tiện xuất cảnh và cấp giấy phép rời cảng đến cảng đích là cảng phía Campuchia.
Mặc dù vậy, hiện tại, dù các cơ quan quản lý chuyên ngành đã xây dựng quy trình cho phương tiện làm thủ tục để xuất cảnh đi Campuchia nhưng không thực hiện thủ tục xuất cảnh cho phương tiện thủy nội địa đi Campuchia mà chỉ xác nhận đến Thường Phước, Đồng Tháp. Do đó, trên giấy phép rời cảng từ TP. Hồ Chí Minh không ghi "cảng đích là Phnom Penh" như trước đây khiến DN phải làm thêm một lần nữa với giấy phép rời cảng tại biên giới Thường Phước để ghi "cảng đích là PhnomPenh" trong cùng chuyến hành trình.
Trước thực trạng trên, Cục Hàng hải VN kiến nghị Bộ GTVT giao cho Cục Hàng hải có ý kiến bằng văn bản tới các cơ quan liên quan để thống nhất thủ tục xuất cảnh cho phương tiện thủy nội địa một lần theo đúng quy định tại Hiệp định giữa hai nước.